柯南和小五郎等拉着大队来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假这座岛屿自古已有流传大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说小兰和园子不惧流传在“海底宫殿”附近潜水时意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人不料其中一人突然遭鲨鱼攻击不幸身亡小兰和园子幸运逃难柯南见那位猎人死状诡异与灰原一起展开调查　　柯南认为猎人之死跟宝藏传说有着莫大关系他试图解开背后原因“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后满以为有所起色猎人却突然现身并偷走了原来发现的宝藏小兰和园子落在猎人的魔掌之中性命危在旦夕隐藏于传说中的讯息是什么“海底宫殿”有什么秘密穿越300年时光的暗号柯南誓要逐步解开迷题